台灣南部河川長期面臨畜牧廢水污染挑戰，影響近九成嚴重污染測站，處理畜牧業廢水成了南部河川治理的首要目標。環境部為協助畜牧業綠色轉型，以及資源循環目標，透過法規、結合跨部會資源以及中央地方協力輔導、推動技術等，將廢水「轉廢為能」。透過「沼到田」提供農用肥料、「沼到電」生產綠電，並提升「沼專業」，推動技術認證，幫助改善河川水質，更能協助畜牧業邁向永續，共築環境韌性。達成永續環境的韌性目標。
訂定資源化法規目標，引導產業轉型升級
為改善長期以來畜牧廢水對河川造成的污染，環境部積極推動畜牧糞尿資源化，尤其在中南部河川，部分嚴重污染測站近9成的污染源來自畜牧業排放。因此，環境部修訂《水污染防治措施及檢測申報管理辦法》第46-1條，明定資源化目標比率：大場（豬2,000頭、牛500頭以上）應於2022年底及2027年底前分別達成5%與10%；小場則應於2025年底及2029年底前分別達成5%與10%。
截至目前，全國大場已全數達成資源化5%目標，小場有約7成達標，但仍有近1,400家畜牧小場未完成2025年底的5%目標。
自2017年訂定小場資源化比率法規目標起，歷經8年地方政府輔導、管制作為，2025年底小場強制資源化法定比率5%即將實施，環境部 呼籲畜牧場配合完成資源化目標辦理，以免受罰。
打造零廢循環，集運、處理、施灌三管齊下
環境部結合農業部與地方政府資源，推動包括大場代小場分戶收集、集中處理及施灌試驗等措施，提升廢水處理與去化能力。自2018年至今已補助20案處理場及131輛施灌設備，累計處理畜牧場132場、豬隻16.8萬頭、牛隻1.4萬頭，顯著減緩高污染區域水質壓力。
此外，目前已推動133種作物施灌沼液沼渣，肥分使用管道多元，環境部也與台糖合作，在屏東九如平地造林地執行林地施灌實驗。試驗結果顯示，林木無死亡、無肥傷，樹圍持續成長約1至3公分；鄰近農民表示無異味，土壤監測數值皆無異常，開啟沼液沼渣肥用於林地的新模式。
推動技術認證，建立廢水處理技術價值鏈
為協助畜牧場克服技術門檻，環境部建立「永續環境治理技術認證」制度，其中針對具效能之能資源化技術進行查證，未來並作為優先補助與媒合推廣對象。同時將規劃推出「畜牧糞尿能資源化沼氣發電獎勵計畫」，獎勵畜牧場提升施灌比率及沼氣發電技術，並需配合示範觀摩與資料揭露，確保推廣處理技術可複製、可追溯、可信賴，創造技術價值鏈。預計今年7月底前公告認證及獎勵方式，環境部邀請現行已有關鍵技術及完工實績的業者加入專業處理的行列。
聚焦源頭削減，打造永續環境新契機
環境部表示，要以「沼到田、沼到電、沼專業」為主軸，透過法制引導、財務誘因、技術輔導三位一體策略，協助畜牧場從污染源轉型為循環經濟參與者。未來將持續與農業部協力推動總量管制、節水畜舍、專業處理聯盟等合作項目，強化環保與畜牧業轉型整合治理，邁向畜牧零排放與淨零目標。