我國碳費制度2025年上路，全國240家企業共461廠已於2027年5月完成首次繳費。為完善徵收機制，環境部2026年9月修正《碳費收費辦法》與《自主減量計畫管理辦法》部分條文，聚焦於「給予新納管事業合理整備期」與「防止減量效益重複優惠」兩大重點。此外，環境部也規劃將部分碳費收益撥入溫管基金，專款專用推動淨零公正轉型，兼顧企業減碳與社會公平。
提供首次納管事業整備作業期，建立完整排放基線
環境部表示，本次增訂《碳費收費辦法》第3條之1及《自主減量計畫管理辦法》第11條之1，是為了確保首次納管事業擁有足夠的作業時間與完整的排放基線，以完善規劃自主減量計畫。
修正條文規定，首次符合碳費徵收條件的事業，其申報繳納義務自「應辦理前一年度盤查登錄及查驗作業」的次年起適用。環境部強調，自主減量計畫的核心在於推動實質減量，本次修正非免除事業的繳費責任，而是要求企業在完成盤查查驗並建構精確的排放基線後，據以制定具體的減量措施與計畫，作為未來主管機關查核的明確依據。
至於碳費收費辦法第9條，於預告期間各界均相當關注先期專案減量額度使用規劃，環境部補充，本次修正是在既有三年使用期限、扣除上限及高碳洩漏風險事業使用於扣除碳費的比率為0.1等管制架構下，處理舊制額度銜接問題，並不影響碳費制度促進實質減量的政策方向。
此外，為避免重複優惠，本次同步修正《自主減量計畫管理辦法》第17條，明定受政府機關補助的減量措施，其產生的減量效益原則上不得列入計畫執行期滿後的超標效益核定。環境部期盼能完善早期減量制度銜接、同時防止碳費補助及減量效益核發之重複優惠，兼顧產業實務與制度公平性。
環境部表示，本次修法並未改變碳費制度「排碳有價」及「減量為核心」的基本精神，事業仍須依法辦理盤查、登錄、查驗，並達成年度指定目標，未達標者將回歸一般費率並補繳差額。
環境部與國發會推動淨零轉型2億元溫管基金，同步開放各部會申請
除了修正企業面，環境部也同步公告，確定從2026年氣體溫室管理基金特別編列2億元專款推動，並開放各部會向國發會申請。
環境部表示，國發會為「氣候變遷因應法」明訂的公正啟動主辦機關，為有效整合跨部會資源，成立「淨零精準計畫申請及管考與穩定研究中心」，已於2026年8月10日發布「淨零精準計畫申請及產業救援」。
環境部及國發會說明，本次計畫畫由溫管基金支應，旨在緩解轉型衝擊並提升社會壓力，計畫執行範圍主要包括：
- 勞工包含轉職與綠領人才培育；
- 協助高碳排企業、中小微企業及農業推動低碳轉型與減碳增匯；
- 結合群眾權力與國家權益等支持措施，提供預防區域促進區振興以強化與公民權。
申請資格僅限行政院所屬的中央二級部會。各部會可以針對自身主辦的轉型行動，將地方政府、公私立學校、法人團體或民間個人的輔導需求一併統整，研提年度計畫向國發會申請。
國發會後續將成立審查會，針對計畫「是否符合公正轉型目標」、「社會參與度」以及「實際影響力」等項目進行評分。同時要點中也嚴格規定，申請項目不能跟政府現有的公務預算或其他基金重複，且嚴格禁止編列媒體宣廣告與推廣費用。
環境部強調，淨零轉型加強社會公平的表現，期盼跨越溫管基金的實質挹注與國發會的製度合管考，引導各部會積極投入。在追求國家減碳目標的同時，也能堅守尊重人權及人權勞動原則，共創氣候與社會張力的永續台灣。